Ο Ιωάννης Φάππας σπούδασε Ιστορία και Αρχαιολογία στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, απ’ όπου επίσης έλαβε μεταπτυχιακό και διδακτορικό δίπλωμα με ειδίκευση στην Προϊστορική Αρχαιολογία. Κατά τη διάρκεια των διδακτορικών σπουδών του μετεκπαιδεύτηκε στη Γραμμική Β γραφή στα Πανεπιστήμια του Κέιμπριτζ και της Οξφόρδης, όπου και πραγματοποίησε ενδελεχή έρευνα στο επιγραφικό υλικό της αρχαίας ανατολικής Μεσογείου. Έχει λάβει υποτροφίες, διακρίσεις και χρηματοδοτήσεις ερευνών από την Βρετανική Σχολή Αθηνών (BSA), το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης, την Ακαδημία Αθηνών, το Ινστιτούτο Αιγαιακής Προϊστορίας (INSTAP), το Ινστιτούτο Κλασικών Σπουδών (ICS) του Πανεπιστημίου του Λονδίνου, τα Κέντρα Ελληνικών Σπουδών (CHS) των Πανεπιστημίων Harvard και Princeton, καθώς και από το Κέντρο Έρευνας των Ανατολικών Πολιτισμών (ANAMED) του Πανεπιστημίου Koç της Κωνσταντινούπολης. Έχει επίσης λάβει μέρος σε διεθνή επιστημονικά συνέδρια και έχει δημοσιεύσει πολλά άρθρα και μία μονογραφία, η οποία αναφέρεται στην παρασκευή και χρήση των αρωματικών ελαίων στη μυκηναϊκή Ελλάδα και την αρχαία ανατολική Μεσόγειο κατά τον 14ο και 13ο αιώνα π.Χ. Συμμετέχει ενεργά στην ανασκαφή του μυκηναϊκού ανακτόρου της Θήβας και σε πολλά άλλα ερευνητικά προγράμματα με επίκεντρο την προϊστορική Βοιωτία, ενώ έχει αναλάβει τη μελέτη και δημοσίευση ευρημάτων Εποχής Χαλκού από ανασκαφές στη Βοιωτία και την Αργολίδα, στις οποίες έχει συμμετάσχει κατά το παρελθόν. Εργάστηκε για πολλά χρόνια ως ωρομίσθιος αρχαιολόγος στην Εφορεία Αρχαιοτήτων Βοιωτίας και ιδιαίτερα στην προετοιμασία των νέων εκθέσεων των Αρχαιολογικών Μουσείων Χαιρώνειας και Θηβών, ενώ για τέσσερα ακαδημαϊκά εξάμηνα δίδαξε Αιγαιακή Προϊστορία ως συμβασιούχος διδάσκων στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. Για πέντε συνολικά έτη (2018-2023) θήτευσε ως Επιμελητής Προϊστορικών Αρχαιοτήτων στο Μουσείο Κυκλαδικής Τέχνης, επιμελούμενος την οργάνωση πέντε μεγάλων περιοδικών αρχαιολογικών εκθέσεων, ενώ από τον Ιούλιο του 2023 υπηρετεί ως Επίκουρος Καθηγητής Προϊστορικής Αρχαιολογίας στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης. Ειδικεύεται στην ιστορία και αρχαιολογία του Αιγαίου κατά την Εποχή του Χαλκού.