Ο Ιάκωβος Μιχαηλίδης υπηρετεί ως Καθηγητής Νεότερης και Σύγχρονης Ιστορίας στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του ΑΠΘ. Την ακαδημαϊκή χρονιά 2012-2013 υπηρέτησε ως Επισκέπτης Καθηγητής στο Πανεπιστήμιου της Κύπρου. Tην ακαδημαϊκή χρονιά 2019-2020 έλαβε υποτροφία από το Ίδρυμα Fulbright και υπήρξε Επισκέπτης Ερευνητής στο George Washington University των ΗΠΑ. Την ίδια χρονιά υπήρξε Ακαδημαϊκός Επισκέπτης στο Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης. Έχει εργασθεί ως Εμπειρογνώμονας για τα Δυτικά Βαλκάνια στην  Οικονομική και Κοινωνική Επιτροπή της Ευρωπαϊκής Ένωσης. Είναι Αντιπρόεδρος της Εφορίας των Γενικών Αρχείων του Κράτους. Είναι, επίσης, προϊστάμενος του Ερευνητικού Κέντρου της Εταιρείας Μακεδονικών Σπουδών και μέλος πολλών ελληνικών και ευρωπαϊκών επιστημονικών δικτύων και οργανώσεων, όπως το ευρωπαϊκό θεματικό δίκτυο ιστορίας Clioh/Cliohnet. Είναι επίτιμο μέλος του Φιλολογικού Συλλόγου «Παρνασσός», μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου του Εθνικού Ιστορικού Μουσείου και του Λαογραφικού Μουσείου Θεσσαλονίκης.

Υπήρξε Συντονιστής-Αξιολογητής της ομάδας που εκπόνησε τα Προγράμματα Σπουδών της Ιστορίας για την Πρωτοβάθμια και τη Δευτεροβάθμια Εκπαίδευση την περίοδο 2014-2015, Εμπειρογνώμονας Επόπτης της ομάδας που συνέταξε τις Τεχνικές Προδιαγραφές Εκπόνησης Εκπαιδευτικού Πακέτου για υπάρχοντα Προγράμματα Σπουδών, Εκπόνησης Επιμορφωτικού Υλικού για υπάρχοντα Προγράμματα Σπουδών και τη Σύνταξη Ενιαίου Υλικού στο γνωστικό αντικείμενο της Ιστορίας Λυκείου καθώς και Επιμορφωτής Α’ με τη μέθοδο της εξ αποστάσεως επιμόρφωσης των Επιμορφωτών Β’ στο Επιμορφωτικό Πρόγραμμα της Ιστορίας Λυκείου.

Ήταν ιστορικός σύμβουλος (μαζί με τον καθηγητή Θάνο Βερέμη) της τηλεοπτικής σειράς του ΣΚΑΙ «1821», της τηλεοπτικής σειράς «Αλέξανδρος και Δημήτριος Υψηλάντης. Οι πρωτεργάτες της Επανάστασης» που προβλήθηκε από την τηλεόραση του MEGA και από το Cosmote History, των ιστορικών ντοκιμαντέρ «Περί Ελευθερίας» και «Πρόσφυγες του 1922. Η ζωή μετά» που προβλήθηκαν από την τηλεόραση του ΣΚΑΙ, του ιστορικού ντοκιμαντέρ «Twice a Stranger» που προβλήθηκε από την τηλεόραση της ΝΕΤ,   του ιστορικού ντοκιμαντέρ «Τα ορφανά του 1821. Ιστορίες Αμερικανικού Φιλελληνισμού» που προβλήθηκε από την ΕΡΤ2, καθώς και των ιστορικών ντοκιμαντέρ «Η δεκαετής εξόρμηση της Ελλάδας 1912-1923» και «Φιλέλληνες. Αγωνιστές της Ελευθερίας» τα οποία προβλήθηκαν από το Cosmote History. Έχει, επίσης, επιμεληθεί τα ιστορικά αφιερώματα του ραδιοφώνου του ΣΚΑΙ 100,3 με θέμα τους Βαλκανικούς Πολέμους, την Μικρασιατική Εκστρατεία, τον Ελευθέριο Βενιζέλο, την Κατοχή και τον Εμφύλιο Πόλεμο. Είναι συγγραφέας πολλών ειδικών μελετών και άρθρων που καλύπτουν την ελληνική, βαλκανική και ευρωπαϊκή ιστορία κατά τον 19^ο και τον 20^ο αιώνα. Από την πρόσφατη εργογραφία του ξεχωρίζει η επιμέλεια της σειράς των εκδόσεων ΜΕΤΑΙΧΜΙΟ «200 χρόνια από την Επανάσταση. Οι πρωταγωνιστές, τα καθοριστικά ζητήματα».