Ο Ιάκωβος Μιχαηλίδης υπηρετεί ως Καθηγητής στο τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής του ΑΠΘ. Από τον Ιούλιο του 2025 είναι Αντιπρύτανης Διεθνών Σχέσεων, Εξωστρέφειας, Διά Βίου Μάθησης και Φοιτητικής Μέριμνας στο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης. Είναι Αντιπρόεδρος της Εφορείας των Γενικών Αρχείων του Κράτους (ΓΑΚ), μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου του Εθνικού Ιστορικού Μουσείου και του Λαογραφικού και Εθνολογικού Μουσείου Μακεδονίας-Θράκης. Είναι, επίσης, μέλος της Επιστημονικής Ομάδας Τεκμηρίωσης των Συλλογών Κινητών Αντικειμένων του πρώην Βασιλικού Κτήματος του Τατοΐου, που έχει συγκροτήσει το Υπουργείο Πολιτισμού.

Την περίοδο 2023-2025 διετέλεσε Πρόεδρος του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας της Φιλοσοφικής Σχολής του ΑΠΘ. Συμμετείχε στο ευρωπαϊκό θεματικό δίκτυο Ιστορίας Clioh/Cliohnet. Στη διάρκεια των ετών 2009-2011 υπήρξε επικεφαλής, μαζί με τον καθηγητή Steven Ellis, της θεματικής ομάδας ‘Regional and Transnational History’ στην οποία συμμετείχαν καθηγητές από δεκαεπτά ευρωπαϊκά πανεπιστήμια. Συμμετείχε, επίσης, σε ερευνητική δράση που χρηματοδοτήθηκε από το ερευνητικό πρόγραμμα αριστείας Θαλής, με τον τίτλο «Η Ελλάδα από τον Εμφύλιο στον Ψυχρό Πόλεμο» συντονίζοντας την κατεύθυνση των διαβαλκανικών σχέσεων. Επιπλέον, μαζί με συναδέλφους από άλλα έξι ευρωπαϊκά πανεπιστήμια, συμμετείχε στο διεθνές ερευνητικό πρόγραμμα ‘Politics of Memory Cultures of the Russian Ottoman War 1877/1878: From Divergence to Dialogue’, το οποίο χρηματοδοτήθηκε από το Seventh Framework Programme, Marie Curie Actions. People. International Research Staff Exchange Scheme καθώς και στο ερευνητικό πρόγραμμα ‘Knowledge Exchange. Europe and the Black Sea Region, ca. 1750-1850], το οποίο χρηματοδοτήθηκε από το Horizon 2020, Marie Skłodowska-Curie RISE. Το ακαδημαϊκό έτος 2012-2013 υπηρέτησε ως Επισκέπτης Καθηγητής στο Πανεπιστήμιο Κύπρου. Tην ακαδημαϊκή χρονιά 2019-2020 έλαβε υποτροφία από το Ίδρυμα Fulbright και υπήρξε Επισκέπτης Ερευνητής στο George Washington University. Την ίδια χρονιά υπήρξε Ακαδημαϊκός Επισκέπτης στο Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης. Έχει εργασθεί ως Εμπειρογνώμονας για τα Δυτικά Βαλκάνια στην  Οικονομική και Κοινωνική Επιτροπή της Ευρωπαϊκής Ένωσης.

Είναι Επιστημονικός Σύμβουλος (μαζί με τον Καθηγητή Ευάνθη Χατζηβασιλείου) του περιοδικού Σελίδες Ιστορίας της εφημερίδας Καθημερινή. Ήταν ιστορικός σύμβουλος (μαζί με τον καθηγητή Θάνο Βερέμη) της τηλεοπτικής σειράς του ΣΚΑΙ «1821», της τηλεοπτικής σειράς «Αλέξανδρος και Δημήτριος Υψηλάντης. Οι πρωτεργάτες της Επανάστασης» που προβλήθηκε από την τηλεόραση του MEGA και από το Cosmote History, των ιστορικών ντοκιμαντέρ «Περί Ελευθερίας» και «Πρόσφυγες του 1922. Η ζωή μετά» που προβλήθηκαν από την τηλεόραση του ΣΚΑΙ, του ιστορικού ντοκιμαντέρ «Twice a Stranger» που προβλήθηκε από την τηλεόραση της ΝΕΤ, του ιστορικού ντοκιμαντέρ «Τα ορφανά του 1821. Ιστορίες Αμερικανικού Φιλελληνισμού» που προβλήθηκε από την ΕΡΤ2, καθώς και των ιστορικών ντοκιμαντέρ «Η δεκαετής εξόρμηση της Ελλάδας 1912-1923» και «Φιλέλληνες. Αγωνιστές της Ελευθερίας» τα οποία προβλήθηκαν από το Cosmote History. Έχει, επίσης, επιμεληθεί τα ιστορικά αφιερώματα του ραδιοφώνου του ΣΚΑΙ 100,3 με θέμα τους Βαλκανικούς Πολέμους, τη Μικρασιατική Εκστρατεία, τον Ελευθέριο Βενιζέλο, την Κατοχή και τον Εμφύλιο Πόλεμο.

Υπήρξε Συντονιστής Αξιολογητής της ομάδας που εκπόνησε τα Προγράμματα Σπουδών της Ιστορίας την περίοδο 2014-2015, Εμπειρογνώμονας Επόπτης της ομάδας που συνέταξε τις Τεχνικές Προδιαγραφές Εκπόνησης  Εκπαιδευτικού Πακέτου για υπάρχοντα Προγράμματα Σπουδών (MIS 5035542), Εκπόνησης Επιμορφωτικού Υλικού για υπάρχοντα Προγράμματα Σπουδών (MIS 5035543) και τη Σύνταξη Ενιαίου Υλικού (MIS 5035542, 5035543) στο γνωστικό αντικείμενο της Ιστορίας Λυκείου καθώς και Επιμορφωτής Α’ με τη μέθοδο εξ αποστάσεως επιμόρφωσης των Επιμορφωτών Β’ στο Επιμορφωτικό Πρόγραμμα της Ιστορίας Λυκείου. Είναι συγγραφέας πολλών ειδικών μελετών και άρθρων που καλύπτουν την ελληνική, βαλκανική και ευρωπαϊκή ιστορία κατά τον 19^ο και τον 20^ο αιώνα. Από την πρόσφατη εργογραφία του ξεχωρίζει η επιμέλεια της σειράς των εκδόσεων ΜΕΤΑΙΧΜΙΟ «200 χρόνια από την Επανάσταση. Οι πρωταγωνιστές, τα καθοριστικά ζητήματα».