Ο Κουκουνάρας Αθανάσιος υπηρετεί ως Καθηγητής στο Εργαστήριο Λαχανοκομίας του Τμήματος Γεωπονίας του Α.Π.Θ., όπου συμμετέχει στη διδασκαλία 4 προπτυχιακών και 3 μεταπτυχιακών μαθημάτων. Έχει συμμετάσχει/συμμετέχει  σε 9 ευρωπαϊκά ερευνητικά προγράμματα, σε 13 και 14 εθνικά ερευνητικά προγράμματα ως επιστημονικά υπεύθυνος ή μέλος της ερευνητικής ομάδας αντίστοιχα, καθώς και σε ένα ευρωπαϊκό και 4 εθνικά προγράμματα διδασκαλίας και επιμόρφωσης. Στον Ά κύκλο της πρόσκλησης του ΕΡΕΥΝΩ-ΔΗΜΙΟΥΡΓΩ-ΚΑΙΝΟΤΟΜΩ ήταν εκτός από επιστημονικά υπεύθυνος και συντονιστής του έργου ‘Εφαρμογή τεχνητού φωτισμού με λαμπτήρες LED για μείωση του κόστους παραγωγής υψηλής ποιότητας εμβολιασμένων σποροφύτων καρπουζιού’, προς την ΕΥΔΕ-ΕΤΑΚ, από το οποίο έργο προέκυψε Εθνικό Δίπλωμα Ευρεσιτεχνίας με δικαιούχο το ΑΠΘ με τίτλο ‘Μέθοδος παραγωγής βελτιωμένων εμβολιασμένων σποροφύτων ειδικότερα καρπουζιού με τη χρήση μέσων φωτισμού’ (Αριθ. 1010470). Έχει δημοσιεύσει 67 εργασίες σε διεθνή περιοδικά, 22 σε πρακτικά διεθνών συνεδρίων, 26 σε πρακτικά εθνικών συνεδρίων και 1 κεφάλαιο σε βιβλίο. Στο δημοσιευμένο έργο του υπάρχουν 1.812 ετεροαναφορές ενώ σύμφωνα με το Scopus το h-index είναι 21 (11/2025). Η διεθνής παρουσία έγκειται στη συμμετοχή του σε 20 διεθνή συνέδρια, σε 2 εκ των οποίων ήταν προσκεκλημένος ομιλητής, μέλος της συντακτικής επιτροπής (Editorial Board Member) σε δύο διεθνή επιστημονικά περιοδικά (Agriculture και Seeds) και μέλος της επιστημονικής επιτροπής σε 4 διεθνή επιστημονικά συνέδρια και διοργανωτής του διεθνούς επιστημονικού συνεδρίου ‘‘IX International Symposium on Seed, Transplant and Stand Establishment of Horticultural Crops and III International Symposium on Vegetable Grafting’, στη Θεσσαλονίκη τον Ιούνιο του 2025. Έχει υπάρξει κριτής πλήθους εργασιών που υποβλήθηκαν για δημοσίευση σε διεθνούς κύρους περιοδικά καθώς και ερευνητικών προγραμμάτων και υποτροφιών που υποβλήθηκαν για χρηματοδότηση. Από το 2016 έως σήμερα είναι συντονιστής ECTS του Τμήματος Γεωπονίας για το Erasmus+ σπουδές και από το 2019 έως σήμερα μέλος της Επιτροπής Προπτυχιακών Σπουδών. Διετέλεσε διευθυντής του Τομέα Οπωροκηπευτικών και Αμπέλου από 1/9/2023 έως 31/8/2025.