Ο Ιωάννης Κοντάκης γεννήθηκε στο Ηράκλειο Κρήτης. Το 2010 εισήλθε στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του ΑΠΘ και το 2014 έλαβε το αντίστοιχο πτυχίο με ειδίκευση Ιστορίας και με βαθμό λίαν καλώς.

Την ίδια χρονιά πέτυχε στις εισαγωγικές εξετάσεις του μεταπτυχιακού διπλώματος ειδίκευσης του ίδιου Τμήματος, στον Τομέα της Νεότερης και Σύγχρονης Ελληνικής και Ευρωπαϊκής Ιστορίας. Το 2017 έλαβε το μεταπτυχιακό δίπλωμα ειδίκευσης με βαθμό άριστα.

Το 2019 έγινε δεκτός στο πρόγραμμα διδακτορικών σπουδών του ανωτέρου Τμήματος και το ολοκλήρωσε τον Σεπτέμβριο του 2023 με βαθμό άριστα ομοφώνως και θέμα: “Il Possedimento: αναζητώντας το ρόλο της τοπικής εξουσίας στα στρατηγικά σχέδια των Ιταλών για τα Δωδεκάνησα (1922-1943)”.

Κατά το εαρινό εξάμηνο του 2023-2024 εργάστηκε ως διδάσκων με σύμβαση στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του ΑΠΘ στο πλαίσιο του προγράμματος απόκτησης ακαδημαϊκής διδακτικής εμπειρίας και με αντικείμενο διδασκαλίας τη νεότερη ιστορία της Μεσογείου.