Ο Φώτιος Ιωαννίδης γεννήθηκε στη Θεσσαλονίκη. Σπούδασε Θεολογία στο Aριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης και ως υπότροφος της Comité catholique pour la collaboration culturelle πραγματοποίησε μεταπτυχιακές σπουδές στην Ιταλία, όπου ειδικεύτηκε στην πατρολογία και την εκκλησιαστική ιστορία.

Φοίτησε στο Πανεπιστήμιο της Περούντζια, στο Μεταπτυχιακό Ινστιτούτο Οικουμενικής, Πατερικής, Ελληνοβυζαντινής Θεολογίας «San Nicola» του Μπάρι, στο Ινστιτούτο Ανατολικών Σπουδών της Ρώμης και στο Πατρολογικό Ινστιτούτο «Augustinianum». Παρακολούθησε μαθήματα λατινικής γλώσσας στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου του Μπάρι και στο Ινστιτούτο «Augustinianum» της Ρώμης.

Από τη λήψη του διδακτορικού του διπλώματος ασχολείται κυρίως με τη λατινική χριστιανική γραμματεία και τη διερεύνηση των σχέσεων της ανατολικής με τη δυτική πνευματικότητα.

Είναι Καθηγητής στο Τμήμα Θεολογίας του Α.Π.Θ. στον Τομέα Εκκλησιαστικής Ιστορίας, Χριστιανικής Γραμματείας, Αρχαιολογίας και Τέχνης. Διδάσκει Εκκλησιαστική Γραμματολογία με έμφαση στους Λατίνους Πατέρες.

Είναι μέλος της Εταιρείας Οικουμενικών Μελετών, της Διεθνούς Πατρολογικής Εταιρείας, της Societas Sancti Nicolai και της Società Internazionale per lo studio del Medioevo Latino. Από τον Μάρτιο του 2007 είναι τακτικό μέλος της Ακαδημίας του Αγίου Αμβροσίου της Αμβροσιανής Βιβλιοθήκης του Μιλάνου.

Διετέλεσε Αναπληρωτής Πρόεδρος του Τμήματος Θεολογίας, Διευθυντής του Τομέα Εκκλησιαστικής Ιστορίας, Χριστιανικής Γραμματείας, Αρχαιολογίας και Τέχνης, μέλος του ΔΣ του Κέντρου Βυζαντινών Ερευνών του Α.Π.Θ., μέλος της Επιτροπής Βιβλιοθήκης και Κέντρου Πληροφόρησης (ΒΚΠ) του Α.Π.Θ. και μέλος της Επιτροπής Εκπαιδευτικής Πολιτικής του Α.Π.Θ.

Συνέγραψε αυτοτελείς μελέτες και άρθρα και έλαβε μέρος ως εισηγητής σε πολλά διεθνή Συνέδρια στην Ελλάδα και το εξωτερικό.