Η Παγώνα Παπαδοπούλου πήρε το πτυχίο της από το τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών (2000) και συνέχισε σε μεταπτυχιακές σπουδές (D.E.A.) στο Université de Paris I – Panthéon-Sorbonne στη Γαλλία (2002). Στο ίδιο πανεπιστήμιο εκπόνησε τη διδακτορική της διατριβή με θέμα De l’unité a l’éclatement: la monnaie et son usage dans le monde byzantin, 1092-1261 (Από την ενότητα στη διάσπαση: το νόμισμα και η χρήση του στον βυζαντινό κόσμο, 1092-1261) (2007).

Ήταν Junior Fellow στο Dumbarton Oaks, Harvard University, Η.Π.Α. (2006-7), Senior Fellow στο Research Center for Anatolian Civilisations του Koç University, Τουρκία (2007-8), Mary Seeger O’Boyle Postdoctoral Fellow στο Princeton University, Η.Π.Α. (2008-9), μεταδιδακτορική ερευνήτρια στο ΕΘνικό Ίδρυμα Ερευνών, Ελλάδα (2014) και Connecting Art Histories Visiting Scholar στο Getty Research Institute, Η.Π.Α. (2024).

Έχει διδάξει ιστορία και αρχαιολογία στα Πανεπιστήμια Πατρών (2009-10), Κρήτης (2010), Πελοποννήσου (2010), Κύπρου (2011-12), καθώς και στο Ανοικτό Πανεπιστήμιο Κύπρου (2009-12) και στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο (2014-17). Από το 2014 υπηρετεί στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης αρχικά ως λέκτορας, κατόπιν ως επίκουρη καθηγήτρια και από το 2024 ως αναπληρώτρια καθηγήτρια με γνωστικό αντικείμενο “Βυζαντινή Αρχαιολογία και Τέχνη” .

Έχει μελετήσει νομισματικό και σφραγιστικό υλικό από ανεσκαμμένες θέσεις και μουσεία στην Αλβανία, τη Γαλλία, την Ελλάδα, την Κύπρο,  τη Σερβία, την Τουρκία και την Ουκρανία.

Οι δημοσιεύσεις της αφορούν στη βυζαντινή νομισματική παραγωγή, κυκλοφορία και εικονογραφία, σε ανασκαφικά νομισματικά και σφραγιστικά ευρήματα, στη νομισματοκοπία των σταυροφορικών κρατών, στη βυζαντινή σφραγιστική, στη βυζαντινή μικροτεχνία και στα κειμήλια των προσφύγων της ανταλλαγής πληθυσμών του 1922.